Há vários factores que condicionam este combate. Mas acho que o vencedor seria talvez o Sasuke. Mas vamos ver cada lado.
Sasuke: Agora que tem o EMS, o seu arsenal está sem dúvida maior. Agora, para além de poder utilizar o Sharingan sem ter fadiga ocular, é capaz de controlar as chamas do Amaterasu com uma facilidade imensa, utilizar o Susanoo, apesar de não ser completo e claro, ainda possui o seu grande leque de Jutsus Raiton e Katon para o ajudarem. Para não falar nos seus Genjutsus.
Minato: É dos Ninjas mais rápidos existentes e é capaz de executar Jutsus de Espaço/Tempo, apesar e não ser com muita facilidade. É também bastante experiente e inteligente nas lutas, conseguindo utilizar o pouco que tem na melhor forma possível.
Como podem ver, o Sasuke tem mais coisas a favor dele, na minha opinião.