Isso na minha opinião foi só por termos de plot. Apesar do Green ter um a menos, os seus Pokémons são mais evoluídos. Na minha opinião, o Green vence. Em primeiro lugar, os seus Pokémons têem uma maior variedade de tipos e de moves.
Charizard (Fire/Flying) com Blast Burn, Fire Spin, Flamethrower, Fly, Reflect. Moves bastante poderosos de Fire e ainda um move de Flying e um defensivo.
Scizor (Steel/Bug) com False Swipe, Metal Claw, Slash, Steel Wing. Moves simples mas úteis. O Scizor tem também um typing peculiar e difícil de contra-atacar.
P2 (Normal) com Conversion, Conversion 2, Psybeam, Recycle, Sharpen, Tri Attack, Zap Cannon. Um polka com bastante diversidade. Com Moves não muito poderosos, mas bons.
Golduck (Water/Psy) com Confusion, Dig, Hydro Pump, Hyper Beam, Iron Tail, Surf, Tail Whip. Excelente variedade de moves.
E Machamp (Fight) com Focus Energy, Hyper Beam, Karate Chop, Low Kick, Seismic Toss, Slam, Submission. Nada de especial para um Machamp.
Enquanto a team do Gold é mais pobre em termos de moves e typing.
Typhlosion (Fire) com Blast Burn, Double Team, Ember, Flame Wheel, Smokescreen, Tackle. Simples. Uma versão mais pobre do Charizard.
Ambipom (Normal) com Agility, Baton Pass, Double Hit, Double Team, Scratch, Swagger. Fraquíssimo. Stats fracos e poucos ataques ofensivos.
Politoed (Water) com Bounce, Double Slap, Dynamic Punch, Hypnosis, Perish Song, Water Gun, Whirlpool. Talvez o Polka com mais diversidade desta team, que poderá ser talvez a única hipótese de Gold.
Sudowoodo (Rock) com Dynamic Punch, Flail, Focus Punch, Low Kick, Mimic, Mud Slap, Rock Tomb. Um Moveset nada mau. Contudo o typing é fácil de contra-atacar com a equipa do Green (Machamp, Golduck e Scizor).
Sunflora (Grass) com Flash, Giga Drain, Growth, Mega Drain, Solarbeam, Sunny Day. Moves com pouca diversidade, que não acrescentam muito à equipa.
Togekiss (Fairy/Flying) com Charm, Double-edge, Growl, Metronome. O que provavelmente tinha mais potencial torna-se num dos piores, se não o pior Pokémon do Gold.
Vendo isto, acho que o Green consegue superar a desvantagem númerica, com um pouco de dificuldade.